セットバックで減少した土地の地代は支払わなければならないのでしょうか？

セットバックを理由に地代減額を相談することは可能です。セットバック部分の面積が少ない場合、地代減額の影響が少ない場合、従来の地代が有効になる可能性もあります。

一方、セットバックした借地（権）の部分は非課税扱いとなるので、その分について地代減額の交渉をしてみてはいかがでしょうか。